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江西二类医疗器械经营许可证备案流程主要分为以下步骤：

1、准备文件：申请单位应向省食品药品监督管理局医疗器械审批中心申请医疗器械二类生产企业或者二类经营企业备案证书，并提供有关材料。

2、审核申请材料：市食品药品监督管理部门将对所提交的申请材料进行审核，如发现违法行为或不合法行为将立即退回重新修改。

3、开具《医学工具使用备忘录》:根据有关法律法规的要求，市食品药品监督部门将根据实际情况开具《医学工具使用备忘录》。

4、办理一般性的安全考核:地方食物药物监察部门应对一般性的安全考核进行办理；

5、受理并办理:申请单位在上述步骤都办理完成后，市食物药物监察部门将受理并对所有材料进行审核。

6、发放"二"别医学工具使用备忘录:地方食物药物监察部门在上述步骤都办理完成后就会及时发出“二”别医学工具使用备忘录。

7、保留副本:申请人应在上述步骤中保留一份副本作为日后使用凭证.