办理三类医疗器械经营许可证的流程一般如下：

申请资格审查：根据国家药品监督管理局的要求，申请者应具有法定代表人、注册资金、管理人员、营业场所、资质认证等条件。

填写申请表：填写《医疗器械经营许可证申请表》并提交相关材料，如公司营业执照、法定代表人身份证明、医疗器械经营许可证申请表等。

提交申请材料：提交申请所需的其他材料，如医疗器械质量管理规范文件、企业生产许可证、医疗器械产品注册证等。

审核审批：由当地药品监管部门对申请材料进行审核，如有问题则要求申请者补充材料或进行现场核查。审核通过后，药品监管部门会对企业进行实地审查，最终颁发三类医疗器械经营许可证。

缴纳费用：药品监管部门会根据相关规定收取一定的费用。

整个办理流程时间一般需要3-6个月不等，具体时间根据不同地区和药品监管部门的要求可能会有所不同。